Mula pagkabata, nakitaan na si Apolinario Mabini ng pambihirang talino at hilig sa pag-aaral. 1881, sa Maynila, nakamit niya ang isang partial scholarship na nagbigay daan upang makapag-aral sa kolehiyo ng San Juan de Letran. Sa taong 1887, natapos niya ang kaniyang "Batsilyer sa Sining." Nag-aral din siya ng abogasya sa Unibersidad ng Santo Tomas mula 1888 hanggang 1894.
Noong 1895, isa siya sa mga taong tumulong magbigay buhay sa La Liga Filipina, na siyang nagbigay ng suporta sa kilusang pang-reporma. Taong 1896 naman, nagkaroon siya ng matinding sakit ng rumesulta sa pagiging paralitiko niya habambuhay. Oktubre 1896, hinuli siya ng mga gwardiya sibil dahil sa kaugnayan sa mga repormista. Sumailalim si Mabini sa house arrest sa ospital ng San Juan de Dios at nang malaman ay pinalaya dahil sa kaniyang kondisyon. Nang bumalik sa Pilipinas si Emilio Aguinaldo noong 19 ng Mayo 1898, pinasundo niya si Mabini sa Laguna. Matapos nila magpulong noong 12 ng Hunyo 1898, si Mabini ay naging punong tagapagpayo ni Aguinaldo.
Isa sa pinakamahalagang kontribusyon ni Mabini ay ang rekomendasyon niyang alisin ang "Diktadurya" sa pamahalaan ni Aguinaldo, at ang pagpalit nito sa isang rebolusyonaryong pamahalaan. Nagsilbi rin siyang bilang "Pangulong Konseho" ng mga kalihim at bilang kalihim ng ugnayang palabas sa kabinete ni Aguinaldo. Isa pa sa mga importanteng dokumento na kanyang nagawa ay ang "Programa Constitucional de la Republica Filipina," isang konstitusyon na kaniyang iminungkahi para sa Republika ng Pilipinas.
Tumakas si Mabini papuntang Nueva Ecija nang sumiklab ang gyera sa pagitan ng mga Pilipino at Amerikano. Siya ay nadakip ng mga Amerikano sa Cuyapo noong 10 Disyembre 1898. Nanatiling bilanggo si Mabini hanggang 23 Setyembre 1900. Nanirahan sa isang maliit na dampa sa Nagtahan, Maynila, at kumita sa pamamagitan ng pagsusulat sa mga lokal na pahayagan. Ang artikulo ni Mabini na El Simil de Alejandro ay nagdulot sa kanyang muling pagdakip at pagkatapon sa Guam kasama ang iba pang mga Pilipino. Habang nasa Guam, naisulat niya ang La Revolucion Filipina. Namatay si Mabini noong 13 Mayo 1903, sa gulang na 39 dahil sa kolera.
